Itärajan uuden pääpuolustusaseman linnoitussuunnitelman laatijaksi määrättiin Päämajan pioneeri-osastossa työskennellyt kenraalimajuri Edvard Hanell, jonka betonirakentamis- ja pioneerialan asian-tuntemusta ja organisointikykyä Mannerheim päätti hyödyntää asettamalla hänet linnoitustöiden johtoon. Salpa-asemaa pidetään yleisesti Edvard Hanellin elämäntyönä. Linnoitussuunnitelman laatimisen ajaksi Mannerheim määräsi Hanellin yleisesikunnan päälliköksi ja ylensi hänet kenraaliluutnantiksi. Näin Hanellille saatiin lisää arvovaltaa ja sitä kautta lisäpontta nihkeästi käynnistyneeseen linnoittamissuunnitteluun, jota oli hidastanut etenkin ylemmän sodanjohdon kiistely pääpuolustusaseman linjaamisesta maastoon eteläisessä Suomessa. Mannerheimin ratkaisu kertoo paljon linnoittamiselle välirauhan aikana annetusta merkityksestä.
Mannerheimin toimeksiannosta kenraaliluutnantti Hanell valmisteli linnoitussuunnitelman, joka käsitti koko uuden itärajan linnoittamisen Suomenlahdelta Jäämerelle. Pituutta tälle – kansankielessä Salpalinjana tunnetulle – puolustuslinjalle kertyi yhteensä noin 1200 kilometriä. Linnoitussuunnitelmaan sisältyi myös itäisen Suomenlahden saariston linnoittaminen ja Neuvostoliitolle vuokratun Hankoniemen poikki rakennettava puolustuslinja, joka tunnetaan nykypäivänä Harparskog-linjana.
Hanellin suunnitelmien mukaan puolustusaseman rungon muodosti konekiväärien sivustatuliverkko, jonka ympärille puolustuslinjan muut osat suunniteltiin. Toisin sanoen Salpalinjan asekorsut eivät ampuneet Mannerheim-linjalta tuttuun tapaan rintamatulta suoraan kohti vihollista. Talvisodassa näet oli havaittu tällaisten korsujen olevan erittäin alttiita vihollistykistön suora-ammuntatulelle. Sivustatuliperiaatteella toimivan puolustuslinjan rakentaminen oli huomattavasti kalliimpaa, kuin suoraa rintamatulta ampuvien korsujen valmistus, sillä korsuja oli rakennettava tavallista tiheämpään. Toisaalta välirauhan aikaisia linnoitustöitä ei enää ollut haittaamassa 1930-luvulta tuttu krooninen rahapula, sillä Salpa-aseman rakentamiseen oli varattu lähes 1,3 miljardia markkaa – noin viiden prosentin osuus koko valtion budjetista vuosina 1940–1941. Vahvimpien teräsbetonikorsujen tuli kestää muun muassa 155-millisen tykin jatkuvaa ammuntaa ja tuhannen kilon painoisen lentopommin täysosuma katolle. Lisäksi korsujen tuli olla kaasusuojattuja siltä varalta, että vihollinen turvautuisi taistelukaasujen käyttöön korsuja vastaan.
Linnoitustöiden koordinointia varten perustettiin Linnoitustoimisto, joka sijoitettiin Kouvolan lähistölle Myllykoskelle. Toimistoon koottiin linnoittamiseen perehtyneitä siviili- ja sotilashenkilöitä – etupäässä rakennusinsinöörejä, pioneeriaselajin upseereita ja toimisto- ja taloushenkilöstöä. Toimisto on kenties hieman harhaanjohtava nimitys organisaatiolle, joka oli itse asiassa yksi suurimmista sodan aikaisista esikunnista. Vuoden 1940 kesäkuussa Linnoitustoimistossa työskenteli lähes 150 henkilöä ja vuoden lopulla jo yli 400.