Salpa-asema ei ehtinyt koskaan valmiiksi asti. Rakennustyöt keskeytyivät kesällä 1941, kun jatkosota Neuvostoliittoa vastaan alkoi 25.6.1941. Linnoitustöissä työskennelleiden työryhmien rungoista muodostettiin linnoitusrakennuspataljoonia, jotka tekivät vuosina 1941–1942 teiden ja lentokenttien parannustöitä, korjasivat siltoja, rakensivat parakkeja ja kunnostivat takaisinvallatulla alueella sijainneita rakennuksia. Jatkosodan alun hyökkäysvaiheen aikana Salpalinja jäi kauas selustaan. Salpa-asemalla käytettyjä aseita ja muita niihin liittyviä laitteita siirrettiin rintamalinjan vakiintumista seuranneen asemasodan aikana vahvistamaan etulinjan puolustusasemia. Salpalinjalta kuljetettiin myös suuri määrä puutavaraa, estekiviä ja piikkilankaa uusiin puolustusasemiin, joita rakennettiin sekä Itä-Karjalaan että Karjalan kannakselle. Esimerkiksi Kannakselle rakennettuun VT-linjaan oli estekivet tuotava muualta tai valettava betonista, sillä Kannaksen hiekkamaastosta ei ollut sopivia estekiviä löydettävissä.
Neuvostoliiton aloitti Karjalan kannaksella 9.6.1944 suurhyökkäyksen, joka melko nopeasti mursi Kannakselle jatkosodan aikana rakennetun Vammelsuu–Taipale -puolustuslinjan sen heikoimmin linnoitetulla alueella Kuuterselässä. Suomalaiset vetäytyivät huomattavasti heikommin linnoitetulle Viipuri–Kuparsaari–Taipale -puolustuslinjalle, jossa taisteluja alettiin käydä kesäkuun loppupäivinä. Samoihin aikoihin kaikki olemassa olevat linnoitusrakennuspataljoonat keskitettiin Salpa-asemalle. Kesällä 1944 Salpalinjalle keskitettyjen linnoitusrakennusjoukkojen kiireellisimpiä tehtäviä oli parantaa linjan panssarintorjuntakykyä ja täydentää taistelu- ja yhteyshautaverkostoa. Lisäksi välirauhan aikana rakennettujen teräsbetonikorsujen muodostamaa tuliverkkoa oli täydennettävä puisilla kenttälinnoitteilla, raivattava ampuma-alaa auki ja saatava asemalle syvyyttä välirauhan aikana rakennettua melko kapeaksi jäänyttä linnoitusvyöhykettä vahvistamaan.
Välirauhan ajasta poiketen Salpa-asemalla työskenteli jatkosodan loppuvaiheessa palkatun siviilityövoiman sijasta työvelvollisista muodostettuja rakennusjoukkoja, joihin kuului muun muassa vankeja ja hermotoipilaspotilaita. Käytössä oli myös uutta, jatkosodan aikana käyttöön otettua tekniikkaa. Esimerkiksi nopean betonisten majoituskorsujen valmistamisen mahdollistivat elementtimuotteihin valetut ja imubetonimenetelmällä viimeistellyt pallokorsut, joita rakennettiin yhteensä Salpalinjaan yhteensä yli 250 kappaletta Virolahden, Miehikkälän, Lemin ja Lappeenrannan alueille. Vihollisen panssarivaunujen liikkumista rajoittamaan rakennettiin jatkosodassa käyttökelpoiseksi osoittautunutta panssarikaivantoa. Kaivannon valmistuksessa olivat kuitenkin edelleen ”perinteiset” menetelmät käytössä, sillä kaivinkoneella ei kaivannon reunoja olisi saatu riittävän jyrkiksi. Tämän vuoksi kaivu oli suoritettava lapiotyönä, jolloin metrin matkalta kaivantoa oli miesvoimin siirrettävä noin yhdeksän kuutiota maata.
Neuvostoliiton suurhyökkäys saatiin heinä-elokuun aikana torjuttua sekä Karjalan kannaksella että Itä-Karjalassa. Aselepo Suomen ja Neuvostoliiton välillä astui voimaan 4.–5.9. ja välirauha solmittiin 19.9.1944. Käsky linnoitustöiden lopettamisesta annettiin 24.9., joskin keskeneräiset työt voitiin vielä käskyn antamisen jälkeen saattaa loppuun. Tälläkään kertaa kaikkia aiottuja tehtäviä ei ehditty suorittaa valmiiksi asti muun muassa sen vuoksi, että paljon linnoitustöissä tarvittavaa kalustoa oli tuhoutunut Karjalan kannaksella vetäytymisvaiheen aikana. Välirauhan aikaiset linnoitustyöt keskeytti jatkosodan alku, kun taas syksyllä 1944 linnoitustyöt päättyivät sodan loppumiseen. Tehokasta työaikaa Salpa-aseman rakentamiseen käytettiin välirauhan aikana ja jatkosodan loppuvaiheessa yhteensä noin puolitoista vuotta.
Sotilaallisen merkityksensä Salpalinja menetti jo melko pian toisen maailmansodan päättymisen jälkeen linjamaisten puolustusasemien osoittauduttua aikansa eläneiksi. Sotien jälkeen tapahtui siirtyminen alueelliseen puolustukseen, jossa linjamaisen puolustuksen sijasta korostetaan maan puolustamista alueen syvyydessä vihollista kuluttaen.